Au XVIIe siècle, l’abbaye est réputée pour sa grande piété et son austérité. Toutefois, les abbesses exercent une mauvaise gestion financière qui perdure au XVIIIe siècle, malgré l’intervention de Colbert entre 1678 et 1698. De fait, l’abbaye perd progressivement son renom jusqu’à la Révolution française. En 1792, la vente de l’abbaye est décidée. Dès 1794, certains bâtiments sont détruits. Le mobilier est vendu en 1795, puis le domaine (abbaye, pavillon des Hôtes et communs) fin 1796.
En 1930, les ruines de l’abbaye, dont ils ne restent que quelques parties du chœur et du transept de l’église, sont classées Monuments historiques. En 1956, la commune de Dammarie-lès-Lys rachète l’ensemble du domaine pour en faire un jardin public. Depuis, les ruines ont fait l’objet de fouilles, d’une consolidation et d’une mise en valeur. Le pavillon des Hôtes est devenu le Centre des Musiques Didier Lockwood.
L'abbaye du Lys reste célèbre aujourd'hui pour son lien avec Blanche de Castille et pour les personnes qui y ont séjourné : la mère abbesse Claire-Cécile Colbert, sœur de Jean-Baptiste Colbert, Marie Mancini, nièce du cardinal Mazarin, ou encore les abbesses Agnès et Angélique Arnauld, sœurs du théologien janséniste Antoine Arnauld.