Depuis le Moyen Âge, les cours d'eau seine-et-marnais sont également utilisées pour le transport des marchandises vers Paris, notamment grâce aux bateaux « marnois » (bateau de charge traditionnel du bassin de la haute Seine) ou, pour le bois, grâce à la technique du flottage, consistant à conduire de grands ensembles de bois flottants en suivant le courant. L’artisanat et les industries sont très présents dans tout le département grâce aux nombreux cours d’eau, que se soit la pêche, les moulins à grains ou les cultures, y compris celle de la vigne.
Un port est construit sur les rives de la Seine à Melun dans la dernière moitié du XVIIIe siècle pour faciliter la navigation et l’accostage des coches d’eau, transports collectifs très populaires jusqu’au milieu du XIXe siècle. Les rivières vont petit à petit s’aménager avec des barrages afin de canaliser les rivières (technique du barrage mobile éclusé) et les péniches à remorqueurs remplacer les bateaux « marnois » et le flottage.