Au cours du XVIe siècle, le palais se transforme en lieu d’enseignement. Dès 1570, un collège s'installe au sein du palais. Un demi-siècle plus tard, les Pères de l'Oratoire en prennent la direction, et ce jusqu'à la Révolution. Depuis, de nombreux travaux d’aménagements sont réalisés (principalement en 1883 et en 1963) et un grand projet de réhabilitation du lycée est actuellement en cours.
Ces travaux, réalisés sous la maîtrise d’œuvre de l’architecte en chef des Monuments historiques Pascal Prunet, ont pour objectif de restructurer l’ensemble de l’édifice, de le remettre à niveau et d’en valoriser l’architecture. Ils sont entrepris en relation avec le Service départemental d’archéologie de Seine-et-Marne afin de garantir une bonne restauration.